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而叛军就抚，马永再回南京。
十四年(1535)，辽东发生兵变。罢去总兵官刘淮，用马永代替他。大清堡守将徐颢诱杀泰宁卫九人。部长把当孩大怒，侵犯边关，马永将他击毙。他的族属把孙借乃木颜的兵来报仇，又被马永击退。此后，他们又入犯我边境。中官王永被敌寇打败，马永也被坐罪。
辽东自从发生兵变之后，首恶虽然被诛，但漏网的人也很多。悍兵无所忌惮，结党呼叫，动怀不逞。广宁的士兵佟伏、张鉴等人利用旱灾饥荒，倡导士兵们作乱，诸营军士惮怕马永而没有响应作乱的人。佟伏等人登上谯楼，鸣鼓大噪，马永率领家众仰攻。千户张斌被杀，马永更加尽力作战，将作乱的人全部歼灭。事情奏闻朝廷，马永晋官左都督。
马永畜养壮士一百多人，都是西北健儿，他们骁勇敢战。辽东兵变刚刚平定，皇帝问李时当今将才为谁。李时推荐马永，并且说：“他的家众也足用。”皇帝说“：将必须兼有文武，怎能专门倚恃武勇呢？”李时说：“辽土新定，必须让有威力的人镇守。”至此，终得其力。都御史王廷相说“：马永善于用兵，并且廉洁，应当仍然将他用在蓟州镇，做京师藩屏。”没有等到调动，马永就死去了。辽人为他罢市哀悼。死后灵柩经过蓟州，蓟州人也为他哭泣流泪。两镇都为他立祠纪念。
马永在做边将期间，厚抚间谍，屡次获得敌人的内部情形，所以作战总是取胜。他素来知人，他所提拔的士卒小校，后来大多官至大帅。尚书郑晓称马永和梁震有古代良将的风范。
周尚文，字彦草，西安后卫人。幼年读书，就粗略通晓大义。多谋略，精通骑射之术。十六岁时，承袭指挥同知。屡次出塞作战有功，晋升为指挥使。
安化王蜫钅番造反，周尚文遏止黄河渡口，俘虏叛贼丁广等人，被推举掌管卫事。关内回贼四起，倚靠南山为根据地，周尚文依次平定他们。御史刘天和因弹劾中贵廖堂被下诏狱，事情牵连到周尚文。拷掠令其引罪，刘天和、周尚文始终不承认，很久才将他释放。之后，守备阶州。周尚文设计擒住叛番，晋职署理都指挥佥事，充任甘肃游击将军。
嘉靖元年(1522)周尚文改任宁夏参将。不久晋为都指挥同知，任凉州副总兵。御史巡视庄浪，猝然遇上敌寇。周尚文急分军保护御史，而自己则带领麾下射击敌人，敌寇这才逃遁。他曾经追击敌寇而到塞外，敌寇来的更多。周尚文军只到一半，他们的部下都感到恐惧。周尚文于是从容下马，解鞍背崖力战，所杀敌人与自己部队所受创伤相当。他的部将丁杲来支援他，敌寇才退去。周尚文受伤过重，于是告归家乡，不久又被起用为故官。吉囊多次踏冰侵入内地。周尚文筑墙一百二十里，用水浇墙，结冰后滑溜不能上。冰化开则让力士持长竿铁钩，钩杀渡河的敌人。
九年(1530)周尚文被提升为署部督佥事，充任宁夏总兵官。王琼筑边墙，周尚文督其役。而且疏渠开屯，军民得利。敌寇抢掠西海，经过宁夏，巡抚杨志学提议发兵半路拦击敌人。周尚文不听从，被参劾而解除职务。
过了很久，周尚文被起用为山西副总兵。敌寇从偏头关向岢岚进发，周尚文转战三百里，攻破敌贼，但自己和儿子周君佐都受伤，朝廷赐他银币。不久他以总兵官的身份镇守延绥。敌寇侵犯红山墩，周尚文力战击败敌人，又受到赏赐。吉囊又大举抢掠清平堡，周尚文受到夺俸的处分。
周尚文很有将才，负气桀骜，所到的地方都与文官相争逐。文官又往往挫折他，所以他们的关系总是处理不好。巡抚贾启弹劾周尚文老而执拗，兵部请求将他调到甘肃。皇帝不允许，夺去他们各自的俸禄。巡按张光祖说他们两人必定不能共处，于是革除周尚文的任职，也贬去贾启的官俸级别。吉囊大举侵入，抵达固原。刘天和这时已为总督，激励周尚文立功。周尚文在黑水苑攻击吉囊，杀他的儿子叫小十王的人，获首级一百三十多。于是任周尚文为都督同知。
二十一年(1542)周尚文因为有人推荐而被任用为东官厅听征总兵官兼佥后府事。严嵩任礼部尚书，他的儿子严世蕃任后府都事，很骄横。周尚文当面叱责他，准备上奏弹劾他，严嵩道歉，严世蕃才得幸免。严嵩调严世蕃为治中，以回避周尚文，而对周尚文恨之入骨。这年秋天周尚文以总兵官的身份镇守大同，请求朝廷增加粮饷和马匹。兵部说周尚文的陈请超过限度，正被诏书切责，而周尚文与巡抚赵锦不和洽，周尚文乞求退休，没有得到许可，他们天天相互构陷。御史王三聘请求调移周尚文镇守其他地方。朝廷讨论说：大同地处敌人要冲，周尚文借此逃避，不应当堕入他的计谋。于是让赵锦任甘肃巡抚。吉囊数万骑兵侵犯前卫。周尚文在黑山与他交战，杀掉他的儿子满罕歹，追到凉城。斩俘敌人甚多，周尚文晋升为右都督。不久，敌寇由宣府直逼畿甸，出大同关塞而向北去。周尚文半路拦击他们，稍有俘获。后敌寇又大举侵犯鹁鸽谷，准备南下。周尚文在阳和防备，派遣骑兵四出攻击敌寇。敌寇逃遁，朝廷赐敕奖赏慰劳他们。
总督翁万达建议修筑边墙，从宣府西的阳和到大同的开山口，延袤二百多里，由周尚文负责。于是加筑阳和以西到山西丫角山，共四百多里，敌台一千多个。开拓屯田四万多顷，增加军士一万三千多人。皇帝为嘉奖他的功劳，晋升他为左都督，加封太子太保，永免边屯之税。叛人充灼召小王子侵犯边关，周尚文侦察获得他的间谍，被加封太保，荫子锦衣卫世职千户。一直到明朝结束，总兵官加封三公的人，只有周尚文一人而已。
起初，俺答和吉囊诸子强盛，诸边关年年受到他们的祸患，大同尤为突出。自从周尚文到大同镇守，和总督翁万达、巡抚詹荣规划边防战守，百姓有数年没有受到敌寇的侵扰。周尚文以好处招来叛人，孤立敌势，归者不断。二十七年(1548)八月，俺答在五堡旁埋伏军队，引诱指挥顾相等人出关，将他们围在弥陀山。周尚文急督副总兵林椿、参将吕勇、游击李梅和自己的两个儿子周君佐、周君仁出塞援助，才得解围。顾相与指挥周奉，千户吕恺、郝经等人已经阵亡。周尚文转战，到达野口，敌伏兵突起。周尚文殊死作战，斩敌人的长官一人。相持一个多月敌人才退去。周尚文设立埋伏，杀敌人的殿后士卒而归。周尚文三子都因罪戍边，到这时因父功而获得释放。俺答数万骑兵侵犯宣府，翁万达檄令周尚文在曹家庄大破敌军，录功，周尚文兼为太子太傅，赐赏有加。这一年周尚文死去，享年七十五岁。
周尚文清廉俭约爱护士卒，得战士死力。善于用间，知道敌人内部详情，所以作战总是有功。自从嘉靖二十年(1541)后，俺答频频侵扰边关。宿将王效、马永、梁震都已先死，只有周尚文还活着，他的威名最盛。严嵩父子图谋倾轧陷害周尚文。但周尚文功高，皇帝正凭借他来抗御强敌，谗言才不得起作用。等到周尚文死后，不按礼给予他抚恤，给事中沈束言说这件事。严嵩激怒皇帝，将沈束禁锢在诏狱。穆宗即位，才赠周尚文为太傅，谥号武襄。
马芳，字德馨，蔚州人。十岁时被北方少数民族掳掠去，让他放牧。马芳暗中用曲木做箭弓，削箭矢习射。俺答打猎，猛虎在他前面怒吼，马芳一箭将老虎射死。于是俺答授予马芳上等弓矢和好马，让他在左右侍候。马芳明里为他所用，而暗地从小路逃回。周尚文镇守大同，对马芳从敌方逃回感到惊奇，安排他任队长。马芳多次防御敌寇有功，应该被封官，因他的父亲贫穷，都改为受赏来供养他父亲。
嘉靖二十九年(1550)秋天，敌寇侵犯怀柔、顺义。马芳驰马斩敌将，授职为阳和卫总旗官。敌寇曾经进入威远，在盐场埋伏骁勇骑兵，而用二十骑兵挑战。马芳知敌人有诈，用百骑迫近埋伏的地方，将作战部队分成三部分，依次轮番攻击敌人。马芳军奋勇跳跃，敌人骑兵惊退十里，马芳军共斩敌人首级九十多。其后，又在新平抵御敌人。敌寇扎营在野马川，约定作战日期。马芳估计敌寇要逃遁，紧急追逐他们，斩敌更多。部队正在庆贺，马芳急忙策马说：“贼寇来了。”命人赶快守住险要，而自己断后。过了不一会儿，敌寇果然成群到达。马芳战斗得更加尽力，敌寇才退去。不久，在泥河进行战斗，又大破敌寇。马芳逐渐升迁为指挥佥事。因功，马芳晋为都指挥佥事，充任宣府游击将军。又因功，破格升迁为都督佥事，隶属总督为参将。在镇山墩作战失利，马芳被夺去俸禄。之后，袭击敌寇有功，他又被加俸二级，任右都督。不久因功晋为左都督，赐给蟒袍。偏将被加封左都督，是从马芳开始的。
三十六年(1557)马芳迁为蓟镇副总兵，分守建昌。土蛮十万骑兵逼近界岭口，马芳和总兵官欧阳安歼敌数十人，俘获骁骑猛克兔等六人。敌寇不知道马芳在，马芳去掉头盔给敌寇知道，敌寇大惊说“：是马太师！”于是敌寇退去。捷报传到朝廷，朝廷赐荫庇马芳后代为总旗官。不久，辛爱把都儿大举侵入，蹂躏遵化、玉田。马芳追到金山寺作战有功，但州县破残得不少，总督王忄予以下都获罪，马芳也被贬为都督佥事。
不久移调马芳镇守宣府。敌寇大举入侵山西，马芳一昼夜急驰五百里追上敌人，七次战斗都取得了胜利。稍后，他又迁为左都督，就地被提升为总兵官，因功进二级俸禄。敌寇迫近通州、马芳入卫，下令专护京师。敌寇退去，马芳再晋俸一级。不久马芳与故总兵刘汉出北沙滩，捣毁敌巢。不久，坐寇入侵之罪，令马芳戴罪立功。
四十五年(1566)七月，辛爱以十万骑兵入侵西路，马芳在马莲堡迎击他们。堡坍塌，军众人请求将这个地方堵塞起来，马芳不同意。众人又请求登台，马芳也不同意。马芳下令开堡四门，偃旗息鼓，寂静得就像没有人一样。等到日暮，野烧烛天，嚣呼达旦。马芳卧睡，太阳当中还不起来，敌人骑兵窥探者不断，不知马芳要干什么。第二天，马芳一跳而起，登城，指示军众说：“敌军多回头看，将要离去。”他勒兵追击，大破敌人。隆庆初年，有人为辛爱出谋，用五万骑兵侵犯蔚州，引诱马芳出来，再用五万骑兵袭击宣府城，可以获得成功。马芳预先伐木护城，敌寇到达后不能登上城，于是解散退去。不大一会儿，马芳率参将刘潭等人出独石塞外二百里，袭击敌人军帐于长水海。马芳回到塞，敌人追赶的人到达鞍子山。马芳迎战，又大败敌军。马芳又被荫子千户。
马芳有胆有智，了解敌情，所到的地方都是身先士卒。一年之中多次出师捣毁敌巢。或者亲自督战，或者派遣裨将督战。马芳得家蓄健儿的死力。他曾经命令三十人出塞四百里，歼俘敌人甚多，敌寇大震。马芳于是率师到大松林，驻扎在兴和卫，登高四望，耀兵而还。
当时大同遭敌寇侵略，较宣府更加厉害。总督陈其学恐敌寇侵扰畿辅，下令总兵官赵岢扼守紫荆关。敌寇于是纵掠怀仁、山阴等地，赵岢坐罪被贬俸三级，于是调马芳与赵岢易换镇守。俺答，转而侵犯威远，几乎攻破，正巧陈其学率领胡镇等来救援，而马芳军也到达了，相拒十多日，敌寇才退走。马芳对诸将说：“大同不比宣府，大同敌我之间只有一墙之隔。敌寇不时到来，非大受创伤不可。”于是将兵出右卫，战威宁海子，并攻破他们。这一年，明朝招抚了俺答，塞上于是相安无事。
万历元年(1573)，阅视侍郎吴百朋揭发马芳行贿之事，马芳被勒令闲住。之后，马芳被起用为佥书前军都督府。顺义王要赏，声言要背弃盟约，又用马芳镇守宣府。七年马芳因病请求回到家乡。又过了两年马芳死去。
马芳出身行伍，十多年后成为大帅。在膳房堡、朔州、登鹰巢、鸽子堂、龙门、万金右卫、东岭、孤山、土木、乾庄、岔道、张家堡、得胜堡、大沙滩等地作战，身经大小战斗百十次，受伤数十次，他以少击多，未尝不获大胜。他擒获敌人部长数十人，斩敌首级无数，威名震边陲，是一时将帅之冠。石州城被敌寇攻陷，副将田世威、参将刘宣被判论死罪，马芳乞求放弃自己的荫子之赏赐，来赎二将之罪，被御史所参劾，皇帝下敕诫谕他。后来田世威又作将，对待马芳很刻薄，马芳不与他计较，有识之士以此赞赏马芳。
马芳有两个儿子，马栋、马林。马栋官到都督，没有什么突出事迹。马林，由父荫累官大同参将。万历二十年(1592)，顺义王扌奢力克絷拘献史、车二部长，马林因制敌有功，晋为副总兵。二十七年马林升为署都督佥事，任辽东总兵官。马林素来好文学，能诗，工书，交游的人多是名士，当时名声很大，他自视也很高。他曾经上陈边关事务十策，语词之中对文官多有抵触，被搁置而不能实行。税使高淮骄横恣肆，马林极力与他抗争。高淮参劾上奏马林，马林被夺职。给事中侯先春上书论救马林，改判马林守戍烟瘴，侯先春也被降官二级。过了很久，马林遇赦免。
辽东用兵，诏令马林以原官的身份从征。杨镐兵分四路而出，令马林带领一军从开原出三岔口，而以游击窦水澄监北关军与马林并进。马林军到尚间崖结营疏通沟壕，严防哨所敌台自卫。等到听说杜松军被打败，才移换军营，但是大清的兵已经逼近。马林于是还兵，别立营，挖战壕三周，在战壕外面布列火器，再在火器外面布置骑兵，其他的士卒都下马，在战壕内结成方阵。另有一军在飞芬山扎营。杜松军覆没之后，大清兵乘其锐气逼近马林军。见马林的军队在壕内和壕外已经结合成方阵，于是大清军纵精锐骑兵直往前冲击它。马林军不能支持，于是大败。副将麻岩战死，马林只带数骑逃脱。死的人遍满山谷，血流到尚间崖下，水被血染红了。大清于是调兵攻击飞芬山。佥事潘宗颜等一军也全军覆没。北关的兵听说后，于是不敢前进。马林丧失军队后，被谪贬充任军官，让他镇守开原。当时蒙古宰赛、暖兔许诺援助马林兵，马林和他结成盟约，依靠这而没有设立防备。这一年六月，大清兵突然来到城下。马林列众在城外，分出少部分兵登城上的矮墙。大清兵设。。梯进攻，而另用精锐骑兵击破马林军营的东门外设防。马林军的兵士争门入城，大清兵于是乘势夺门，攻城的大清兵也越墙入城。马林军城外的兵士望见后全都逃奔。大清兵据城拦截攻击，马林军的这部分兵士被战壕阻隔不能渡过，全部被歼灭。马林和副将于化龙、参将高贞、游击于守志、守备何懋官等人，都战死了。不久赠给马林都督同知，进世荫二级。马林虽然更历边镇，但是没有经遇强敌，无大将才。当事以虚名用之，所以失败。
马林有五个儿子：马燃、马熠、马炯、马火广、马飚。马燃、马熠战死在尚间崖。马炯在天启年代中任湖广总兵官。马炯协助讨伐贵州叛贼，跟从王三善到大方，几次战斗都取得了胜利。之后，大败，王三善自杀，马炯军溃败而归。马炯患病而死。
马火广幼习兵略，天启年间任辽东游击。督师阁部大臣孙承宗因他的父亲死于王事，奖励性地任用他，让马火广代替王木盈镇守中右所。等到巡抚袁崇焕更改营制后，马火广以原官的身份掌管前锋右营。他多次有功，以致迁升为副总兵，镇守徐州。崇祯八年(1635)正月，敌贼攻陷凤阳，大肆抢掠而去。马火广和守备骆举率兵入城，以恢复报告，于是马火广留守这个地方。八月，敌贼侵扰河南。总督朱大典命令他移驻颍、亳。事情定下来之后，马火广返回徐州。十年，敌贼侵犯桐城，马火广奔赴救援，在罗唱河攻破敌人。不久马火广因护陵有功，增俸一级。归德、徐州之间有个地方叫朱家厂，土寇占据这个地方，不时出来抢掠。马火广剿灭他们。敌贼侵犯固始，朱大典檄令马火广和游击张士仪等人分别戍守霍丘西南，扼住贼寇东下之路，敌寇于是逃到六安。朱大典又调马火广等人驻扎寿州东，兼护二陵。就在这个时候，长江淮河南北，专以陵寝为重。马火广驰驱数年，幸而没有失事。
十二年(1639)六月，马火广被提升为总兵官，镇守天津。过了很久，被调到甘肃镇守。十五年他督三协副将王世宠、王加春、鲁胤昌等人讨伐攻破叛番，斩敌人七百多首级，抚慰安定三十八族才回来。这一年冬天，督师孙传庭檄召他不去，遭弹劾。皇帝诏令因为马火广能够剿贼，允许戴罪立功，否则即以军法从事。等到马火广到达军中，孙传庭宽恕他的罪过。不久，马火广又因逗留淫掠而被弹劾，皇帝仍让他戴罪效命。第二年秋天，孙传庭准备出关。有传闻说敌贼从内乡窥探商、洛的，孙传庭檄令马火广到商州扼住敌人的北犯。这以后孙传庭的军队覆没，马火广于是回到原地镇守。不久，敌贼攻陷延绥、宁夏，终于攻陷兰州，渡过黄河抵达甘州进行围攻。马火广和巡抚林日瑞竭尽全力进行固守。敌贼乘雪夜因坎登城。马、林军士卒十分寒冷，不能作战，城池终于被攻陷。马火广、林日瑞和中军哈维新、姚世儒都战死疆场。马火广的弟弟马飚任沔阳州同知，沔阳城陷落，也死去。马火广父子兄弟一并死于国难。
何卿，成都卫人。有志操，习武事。正德年间，承袭世职任指挥佥事。因他的能力，被提升为筠连守备。随从巡抚盛应期攻击歼斩叛贼谢文礼、谢文义。世宗即位，论功晋升为署都指挥佥事，充任左参将，协助镇守松潘。
嘉靖年代初期，芒部土舍陇政、土妇支禄等人反叛。何卿征讨他们，斩敌人二百多首级，降俘叛众有好几百人。陇政逃奔到乌撒，何卿檄令土官安宁将陇政擒获献来。安宁假装承诺，而实际上将陇政藏匿起来不交出来。巡抚汤沐说明了这种情况，皇帝剥夺了何卿的官职。川、贵之兵联合征讨，叛贼才被消灭，何卿恢复到原有官职。五年(1526)春天提升何卿为副总兵，仍然镇守松潘。陇氏已经灭绝，改芒部为镇雄府，设流官。不久，陇政的遗党沙保又进行叛乱。何卿和参将魏武、姚汝皋等人并进，斩除沙保等叛贼首领七人，余党也全部被歼。记录功劳，魏武最大，何卿第二，赐赏各有不同。黑虎五砦番谋反，围住长安诸堡，乌都、鹁鸽诸番也相继反叛。何卿都攻破平定了他们，升为都督佥事。威茂番十多砦连兵劫抢军饷，而且攻打茂州和长宁诸堡，索要抚恤赏赐。何卿和副使朱纨筑茂州外城来围困他们。不久又用计残害他们的部众，屡战屡胜，于是攻打深沟，焚烧他们的碉砦。诸番处境困迫，请求让他们赎罪。何卿责令他们献出首恶，番人不答应。何卿又分别剿攻浅沟、浑水二砦，并歼灭他们。诸番于是争献首恶，歃血断指耳，誓不再反叛。何卿于是与他们刻木为约，分处其部众，划疆为守，松潘的道路又畅通起来。巡抚潘鉴等人奏上他们两人的功劳，皇帝下诏赏赐何卿、朱纨银币，晋升何卿为署都督同知，镇守如故。过了很久，何卿因疾病辞官。
二十三年(1544)，塞上战事频起。朝廷召何卿，何卿以疾病相辞。皇帝发怒，夺去何卿的都督官职，命他以都指挥使的官职到兵部听候调遣。不久，敌寇逼近畿辅，命扎营在卢沟桥。松潘的副总兵李爵被巡抚丘养浩弹劾而罢去官职，皇帝下诏用何卿代替他。给事中许天伦说何卿贿赂丘养浩弹劾李爵，自为后路。皇帝发怒，革除何卿和丘养浩的官职，令巡按冉崇礼调查核实。当时兵事棘手，翁万达又推荐何卿，恢复他的都督佥事官职，督东官厅军马。之后冉崇礼具言说李爵贪污“，何卿镇守松潘有十七年，为蜀保障，军民颂德，但他还贫穷，哪有所得的钱财进行贿赂呢？”皇帝怒意才消解。四川白草番叛乱，副总兵高冈凤被弹劾。兵部尚书路迎上奏让何卿代替他。何卿再次莅临松潘，将士都很喜欢。何卿于是会聚巡抚张时彻征讨擒获首恶数人，俘斩九百七十多人，攻克四十七营砦，摧毁四千八百碉房，缴获马牛器械储积各以万计。何卿进署都督同知。何卿素有威望，为番人所忌惮。自从威茂到松潘、龙安夹道筑墙数百里，行旅往来，没有剽夺的祸患。他先后在镇二十四年，军民像爱戴慈母一样爱戴他。他再次因病回到家乡。
三十三年(1554)，倭寇侵略海上。皇帝诏令何卿和沈希仪各率家众奔赴苏、松军门。第二年何卿充任副总兵，总理浙江和苏、松海防。何卿是蜀中名将，不熟悉海道，年纪已老，兵与将不熟悉，竟不能有所作为。他被巡按御史周如斗弹劾而罢除官职，死去。
沈希仪，字唐佐，贵县人。承袭世职任奉议卫指挥使。他机警有胆有勇，并且智计过人。
正德十二年(1517)他被调出征永安。沈希仪用数百人攻打陈村寨，马陷在泥沼中，腾跃而上，连杀三个敌人头领，破除其余敌众。沈希仪升为署都督佥事。义宁的敌贼侵犯监桂，又回到巢穴，沈希仪追击他们。敌贼的巢穴有两处险隘，敌贼在其中一处埋有伏兵，让熟瑶欺骗官兵从这里攻入。沈希仪估计到敌贼有诈，急从另一险隘直抵贼寇的巢穴。敌贼仓促回救，于是被沈希仪大举攻破。荔浦敌贼八千人渡江到东方抢掠，沈希仪率领五百人驻扎在北面寨，等待敌贼归来。北面寨距蛟龙、滑石两滩各有数里。沈希仪因滑石滩狭窄，即使部队众多仍可进击，蛟龙滩宽广，渡过去也难于歼敌，想将敌贼引诱到滑石滩。于是在蛟龙滩树起百旗，用弱兵守住，燃烧柴禾来惑乱敌人。敌贼果然趋向滑石滩。沈希仪预先用小舰载劲卒埋伏在葭苇之中。敌贼渡过一半，乘急流冲之，两岸军兵鼓噪上前，敌贼众多人坠入水中淹死，沈希仪收获他们所掠抢的东西回来。沈希仪随从副总兵张。。连破临桂、灌阳、古田的敌贼。他被晋升为署都督指挥同知，掌管都司事。
嘉靖五年(1526)，总督姚镆准备征讨田州岑猛。他用沈希仪的计谋，离间岑猛的岳丈归顺和土酋岑璋的关系，而分兵五哨进击。沈希仪带领中哨。挡住工尧。工尧是敌贼的要地，他们聚众守卫这个地方。沈希仪夜间派遣军兵三百人，缘山而上，绕出其背。等到第二天会战，所派遣的士兵已在山巅树立旗帜，敌贼被打得大败。岑猛逃跑到归顺那里，被岑璋捉住，田州于是平定。沈希仪的功最大，姚镆压抑他的功劳，只是受到赏赐。姚镆建议设立流官，沈希仪说：“思恩因流官的缘故，祸乱到现在还没有停止。田州又设立流官，两处之敌贼将会合起来作乱。”姚镆不听从他的话。以沈希仪任右参将，分守思恩和田州。沈希仪请求回乡整束行装，用参将张经代守。刚刚一个月，田州又发生叛乱，姚镆被罢去官职而回到家乡。王守仁代替姚镆的官位，王守仁多用沈希仪的计策，思恩和田州又被平定。
沈希仪改任右江柳庆参将，驻扎在柳州。象州、武宣、融县瑶民造反，沈希仪出兵征讨攻破。他因病回到家乡，不久又回到原任。柳州在万山之中，城外五里之处就是敌贼的巢穴，军民已到无地可耕的地步，而官军向来不能胜任战斗。又加上敌贼耳目遍官府，对官府里的事情动静无所不知。沈希仪说要想大破敌贼，非用狼兵不可，向制府请求这件事。调那地的狼兵二千人来，守戍之兵才稍有振作。又寻找到与瑶通贸易商贩的有几十人，抓住他们犯罪根据而厚抚他们，让他们刺探敌贼。这样敌贼的动向，沈希仪也无所不知。沈希仪每次出兵，虽然是肘腋亲近的人，也不告诉他们去向。到期鸣号，则诸军都集合起来。令一人挟旗带领诸军行军，不让他们测知到哪里去。等到驻军设立埋伏，敌贼必定到达，敌贼遇到埋伏总是逃奔。官军攻击他们，总是能取得预期的胜利。之后，敌贼侵犯其他地方，官军又比他们先到达。远村僻地，敌贼估计是官军不能到达的地方，前往侵犯，官军又未尝不在，敌贼惊服他是神人。沈希仪获得的贼巢妇女牲畜财产，果真是邻巢的都归还他们，只取暗中帮助敌贼之人的东西。诸瑶全部恐惧降伏，不敢响应敌贼。
沈希仪初到，令熟瑶能够出入城中，无所禁忌。厚赏瑶人中的智黠之人，让他们做间谍。后来逐渐让瑶妇进入到官府和她们的丈夫见面，并赐给她们酒食布帛。这些瑶妇的丈夫经常告诉他敌情，则暗中厚赏。诸瑶妇贪爱赏赐，争相劝说自己的丈夫偷告敌情，或者亲自入沈希仪府中说明敌贼情况。正因为这个原因，敌贼更加没有地方隐藏匿形。沈希仪每于风雨晦黑的夜晚，侦察敌贼住宿停顿的地方，分别派遣人携带火铳潜伏在舍旁。半夜发铳，敌贼大骇说：“老沈来了！”都携带妻氏儿女匍匐上山。儿啼女号，有的因寒冻触岩石而死，有的后悔当贼寇不是好办法。到天明后下山，又寂静而没有人声。其他巢穴也遇到同样的情况，贼众更加惊恐。暗中派遣人进城侦察，发现沈希仪像原来一样居住在城中没有外出。敌贼丧魂落魄，他们大多易容为熟瑶。
韦扶谏是马平瑶的敌贼魁首，多次捕捉他而没有成功。有人报告说韦扶谏逃到邻贼三层巢去，沈希仪暗中率领兵马剿他，他又与三层巢的敌贼到其他戍所去抢劫。沈希仪尽俘三层巢敌贼的妻子儿女，一并带回来，过去沈希仪俘获的敌贼妻子儿女全部用来给与予狼兵，到这时却将他们独闭在空舍中，给他们饮食。让熟瑶去对他们的丈夫说“：你们捉到韦扶谏，就让你们的妻子儿女回来。”诸瑶听说后，都来谒见沈希仪。沈希仪让他们到房室中去看，见他们的妻子儿女都安然无恙。于是他们共同引诱韦扶谏出巢，将他捆缚着献给沈希仪，来换他们的妻子儿女回去。沈希仪剜去韦扶谏的眼睛，将他肢解后，悬挂在诸城门。诸瑶服沈希仪威信，更加不敢做强盗。从此，柳城四旁的数百里，没有敢抢夺的人。
沈希仪曾经向朝廷上书，说狼兵也是瑶、僮人。瑶、僮所在为贼，但狼兵至死不敢为非作歹，并不是狼兵顺服，而瑶、僮叛逆。狼兵隶属土官，而瑶、僮隶属流官。土官令严足以控制狼兵，流官势轻则不能控制瑶僮。如果将瑶、僮分割开来分别隶属旁近的土官，土官世世代代富贵，不敢有他望。这样以国家的力量控制土官，以土官之力来控制瑶、僮，将他们都变成狼兵，两广就世世代代没有祸患了。当时没有采用他的建议。到十六年(1537)就发生了思恩岑金的叛乱。
起初，思恩土官岑氵睿被诛后，改设流官，以其酋二人韦贵、徐五任土巡检，分别掌管兵马各有一万多人。夷民不喜欢汉法，共有多次叛乱。镇安有个男人名叫岑金，他自称是岑氵睿的儿子。镇安土官于是暗中召集旧部酋长，叫出岑金而与旧部酋长结盟说：“这是你们的小主人。”诸酋罗拜，拥岑金而归，聚兵五千人，准备攻城，恢复旧地，远近汹汹。岑氵睿被诛时，他的酋长杨留没有地方去，率同党一千多人到宾州去，应募为打手。沈希仪在宾州，杨留到沈希仪府中说，他想去见他的小主人。沈希仪向来担忧岑金，等听到杨留的话后，更加大骇。因而问杨留说“：是岑氵睿的第九个儿子吗？我从前征讨田州所以听说过这件事。”因而自语说“：岑氏又恢复了吗？”想以此打动杨留，杨留果然大喜。之后，沈希仪召杨留到密室中说：“给我重贿，就为岑金复官。”出去后又呼他回来说：“韦贵、徐五现今分别管掌思恩兵马，必定仇恨岑金，必须妥善防备他们。”杨留更加大信。岑金于是跟从五千人依靠杨留来见沈希仪。门人奔告，请求沈希仪不要收纳岑金的贿赂。沈希仪骂着说“：岑金是土官的儿子，不是贼寇，为什么不收纳？”将岑金引入，与他厚结，又引他诣见兵备副使，随后用计逐渐解散岑金的五千人。兵卒捆缚岑金，杨留也惭愧而死，思恩又恢复安宁。之后，随从总督张经大破断藤峡、弩滩的敌贼，受到赏赐而归。
沈希仪镇守柳州、庆州很久，大盗宿猾被捕诛殆尽。先后捣毁敌巢，斩敌人积有五千多个，未尝全部上奏报功，所以多不叙功。十九年(1540)又谢病，柳人在山云洞为他祭祀。不久被起用为四川左参将，分守叙州、泸州和贵州迤西等处。这一年冬天，被提升为署都督佥事，充任总兵官，镇守贵州。又谢病回到家乡。塞上多警，朝廷召令天下名将到京师，沈希仪在召之中。沈希仪镇守柳、庆时，每战必身先士卒，身体多次受伤，遇阴雨天气总是剧痛，所以多次谢病。到京后，也因病辞谢。皇帝怀疑他是回避，夺去他的都督官职，命令他赴兵部听候调用。翁万达推荐他的才能。正遇上江、淮多盗，议设督捕总兵官，于是恢复沈希仪署都督佥事官职前往剿匪。
二十六年(1547)任沈希仪为广东副总兵。命自今将领至四川、广西、云南、贵州者，毋推京营及西北边，著为令。沈希仪随从总督张岳大破贺县的敌贼倪仲亮等人，予实际授官，仍然赏他银币。琼州五指山熟黎向来畏法，供徭赋，知州邵氵睿残虐榨取他们的血汗。黎酋那燕于是勾结崖州、感恩、昌化诸黎作乱。总督欧阳必进提议一并讨伐万州、陵水之黎，兵分五路。沈希仪正在患病，最后到来，他对欧阳必进说：“万州、陵水之黎人没有从恶的事实，如果一并诛讨，更加树敌。不如只分兵三道。”欧阳必进听从了他的话。沈希仪于是偕同参将武鸾、俞大猷等人直入五指山下，斩那燕及其党徒五千四百多人，俘获的有五分之一，招降三千七百人。捷报奏闻朝廷，沈希仪晋升为都督同知，改任贵州总兵官。又从张岳军定铜仁的叛苗龙许保、吴黑苗等人。又因病回到家乡。倭寇侵犯海上，命令沈希仪督川、广之兵赴剿。无功，沈希仪被周如斗弹劾罢去官职。
沈希仪为人坦率，常居喜欢说俏皮话，性格开朗，没有城府。等到面临敌人，则应变出奇，让人莫测。特别善于安抚士卒。沈希仪经常染病垂危，士卒多自残来向神祷告。甚至有一人，为沈希仪祈祷到达用箭穿自己咽喉的地步。沈希仪是如此深得士卒之心。
石邦宪，字希尹，贵州清平卫人。嘉靖七年(1528)承袭世职为指挥使。累功，晋官署都指挥佥事，充任铜仁参将。苗人龙许保、吴黑苗反叛，总督张岳提议征讨他们，而敌贼攻陷印江、石阡，石邦宪被坐罪逮问。张岳因为铜仁是敌贼的巢穴，而石邦宪有勇有谋，于是上奏留用石邦宪。石邦宪于是与川、湖之兵共进贵州，攻破苗砦十分之五。躲藏在山中竹林子里的人，被搜杀殆尽。上功，石邦宪居第一。未及叙功，而龙许保等人突入到思州，捉住知府李允简而去。石邦宪紧急半路拦击，将李允简夺回来了。石邦宪被停止俸禄，让他戴罪立功。敌贼攻破思州后，又纠集余党，与湖广蜡尔山苗人会合，想攻石阡。没有攻克，经过省溪而回去。千户安大朝等人半路拦击他们，俘歼敌人大半，夺下敌贼的全部辎重，敌人溃不成军。石邦宪于是让使者重金收买老。。、老亻革等人擒住龙许保送到军门，而黑苗如过去一样躲藏。又用计重金收买乌朗土官田兴邦等人斩黑苗，敌贼于是被平定。石邦宪于是晋为署都督佥事，充任总兵官，代沈希仪镇守贵州。
台黎砦苗人关保倡导作乱，四川容山、广西洪江诸苗响应。远近骚然，朝廷上是安抚还是剿歼不能定下来。石邦宪与湖广分兵讨破他们，传檄十八砦，许他们捉拿首恶赎罪。诸苗听从安抚，设盟受约而回去。
播州宣慰杨烈杀长官王黼，王黼的同党李保等人治兵相攻快有十年，总督冯岳与石邦宪讨平他们。真州苗人卢阿项作乱，石邦宪用兵七千人编筏渡江，直抵磨子崖。估计敌贼必定来进行夜袭，预先防备。敌贼到达后，被他们击败。敌贼向播州吴鲲求援。诸将感到恐惧，石邦宪说：“水西宣慰安万铨，是播州所畏怕的。我调水西之兵攻乌江，声讨杨烈纵吴鲲助叛逆之罪，杨烈哪有空暇救人呢？”之后，水西之兵到达。石邦宪进逼敌人的巢穴，乘风放火，斩关而登，敌贼大崩溃，擒住敌贼首领父子，歼俘四百七十多人。石邦宪晋署都督同知。
石邦宪攻破地隆阡叛苗四砦，又攻破答千诸砦，擒住他们的巨魁。地隆阡派遣敌贼龙老三、龙得奎勾结龙停苗人老夭、扳凳苗人石章保等人纵兵抢掠，捉拿石耶洞土官的妻子冉氏带回去，攻击梅平砦。官军要擒拿龙老三。龙得奎走脱幸免，又与老夭等人攻破平南营囤。石邦宪侦察得知冉氏在老夭那里，表面议说要赎她，而暗中击杀老夭。官军于是进入龙停砦，一并捉拿扳凳砦苗人龙老丙，命令他献出石章保。由此诸苗全部被降服。白洗、养鹅的诸苗反叛，石邦宪征讨并擒住敌魁，降服一百多砦。
湖广溆浦瑶人沈亚当等作乱，总督石勇檄令石邦宪讨伐他们，石邦宪生擒沈亚当，俘歼二百多人。甫溆浦平，铜仁、都匀的苗人互相煽动进行反叛。石邦宪亟驰回来，率领守备安大朝进剿。先攻破彪山砦的敌贼，乘胜以谋略平定诸砦。俘虏敌贼的头子龙老罗、王三等人，余党全部平定。石邦宪又与总督黄光升，修筑湖北的墩台、烽土侯一百多所，招降冷水溪诸洞苗二十八砦。
播州容山的副长官土舍韩甸与正长宫土舍张问相互攻击，韩甸多次取得胜利，于是他纠集生苗在湖、贵境内抢劫，将近二十年。张问也纠集党徒自助。石邦宪讨伐张问，斩敌一百多人，张问潜逃，被擒获。官军乘胜攻入韩甸的巢穴。遇上天黑，下大雨，官军迷失路径。守备叶勋、百户魏国相等人陷入埋伏之中，战死。石邦宪突围而出，带军回到镇远。再次征讨韩甸，敌贼沿江防守。石邦宪佯装与他抗争，而另外从上游三十里处缚竹渡江。水陆并进，大破敌贼。斩杀韩甸，容山被平定。石邦宪晋右都督。
不久石邦宪与巡抚吴维岳招降平州叛酋杨珂，剿平龙里卫敌贼阿利等人。在这个时候，水西宣慰安国亨恃众跋扈，谒见上官时，辞色不善，往往煽动兵众喧哗鼓噪而出。石邦宪召见他谴责说“：你想造反吗？我看见你如釜中的游鱼。你的兵与云、贵、川、湖的兵相比谁的多？你有四十八个酋长，我铸四十八个印给与他们。早上下令，傍晚就把你给灭了。”安国亨叩头谢罪，颇为收敛。隆庆元年(1567)石邦宪剿平镇远的苗人。之后，他又攻破诛灭白泥土官杨斌贝和苗人酋长龙力水等人。部内之人对他服服帖帖。
石邦宪生长在黔土，熟悉苗人风土人情。他善于用兵，经过的战斗大小有数十近百次，无不被他摧毁攻破。先后晋俸禄有四次，赏赐银币十三次。他所得的俸赐，全部用来招待士兵，家中没有多余的资财。做总兵官十七年，威镇蛮中。他和四川的何卿、广西的沈希仪并称一时的名将。第二年(1568)死在官任上。赠官左都督。
而叛军就抚，马永再回南京。
十四年(1535)，辽东发生兵变。罢去总兵官刘淮，用马永代替他。大清堡守将徐颢诱杀泰宁卫九人。部长把当孩大怒，侵犯边关，马永将他击毙。他的族属把孙借乃木颜的兵来报仇，又被马永击退。此后，他们又入犯我边境。中官王永被敌寇打败，马永也被坐罪。
辽东自从发生兵变之后，首恶虽然被诛，但漏网的人也很多。悍兵无所忌惮，结党呼叫，动怀不逞。广宁的士兵佟伏、张鉴等人利用旱灾饥荒，倡导士兵们作乱，诸营军士惮怕马永而没有响应作乱的人。佟伏等人登上谯楼，鸣鼓大噪，马永率领家众仰攻。千户张斌被杀，马永更加尽力作战，将作乱的人全部歼灭。事情奏闻朝廷，马永晋官左都督。
马永畜养壮士一百多人，都是西北健儿，他们骁勇敢战。辽东兵变刚刚平定，皇帝问李时当今将才为谁。李时推荐马永，并且说：“他的家众也足用。”皇帝说“：将必须兼有文武，怎能专门倚恃武勇呢？”李时说：“辽土新定，必须让有威力的人镇守。”至此，终得其力。都御史王廷相说“：马永善于用兵，并且廉洁，应当仍然将他用在蓟州镇，做京师藩屏。”没有等到调动，马永就死去了。辽人为他罢市哀悼。死后灵柩经过蓟州，蓟州人也为他哭泣流泪。两镇都为他立祠纪念。
马永在做边将期间，厚抚间谍，屡次获得敌人的内部情形，所以作战总是取胜。他素来知人，他所提拔的士卒小校，后来大多官至大帅。尚书郑晓称马永和梁震有古代良将的风范。
周尚文，字彦草，西安后卫人。幼年读书，就粗略通晓大义。多谋略，精通骑射之术。十六岁时，承袭指挥同知。屡次出塞作战有功，晋升为指挥使。
安化王蜫钅番造反，周尚文遏止黄河渡口，俘虏叛贼丁广等人，被推举掌管卫事。关内回贼四起，倚靠南山为根据地，周尚文依次平定他们。御史刘天和因弹劾中贵廖堂被下诏狱，事情牵连到周尚文。拷掠令其引罪，刘天和、周尚文始终不承认，很久才将他释放。之后，守备阶州。周尚文设计擒住叛番，晋职署理都指挥佥事，充任甘肃游击将军。
嘉靖元年(1522)周尚文改任宁夏参将。不久晋为都指挥同知，任凉州副总兵。御史巡视庄浪，猝然遇上敌寇。周尚文急分军保护御史，而自己则带领麾下射击敌人，敌寇这才逃遁。他曾经追击敌寇而到塞外，敌寇来的更多。周尚文军只到一半，他们的部下都感到恐惧。周尚文于是从容下马，解鞍背崖力战，所杀敌人与自己部队所受创伤相当。他的部将丁杲来支援他，敌寇才退去。周尚文受伤过重，于是告归家乡，不久又被起用为故官。吉囊多次踏冰侵入内地。周尚文筑墙一百二十里，用水浇墙，结冰后滑溜不能上。冰化开则让力士持长竿铁钩，钩杀渡河的敌人。
九年(1530)周尚文被提升为署部督佥事，充任宁夏总兵官。王琼筑边墙，周尚文督其役。而且疏渠开屯，军民得利。敌寇抢掠西海，经过宁夏，巡抚杨志学提议发兵半路拦击敌人。周尚文不听从，被参劾而解除职务。
过了很久，周尚文被起用为山西副总兵。敌寇从偏头关向岢岚进发，周尚文转战三百里，攻破敌贼，但自己和儿子周君佐都受伤，朝廷赐他银币。不久他以总兵官的身份镇守延绥。敌寇侵犯红山墩，周尚文力战击败敌人，又受到赏赐。吉囊又大举抢掠清平堡，周尚文受到夺俸的处分。
周尚文很有将才，负气桀骜，所到的地方都与文官相争逐。文官又往往挫折他，所以他们的关系总是处理不好。巡抚贾启弹劾周尚文老而执拗，兵部请求将他调到甘肃。皇帝不允许，夺去他们各自的俸禄。巡按张光祖说他们两人必定不能共处，于是革除周尚文的任职，也贬去贾启的官俸级别。吉囊大举侵入，抵达固原。刘天和这时已为总督，激励周尚文立功。周尚文在黑水苑攻击吉囊，杀他的儿子叫小十王的人，获首级一百三十多。于是任周尚文为都督同知。
二十一年(1542)周尚文因为有人推荐而被任用为东官厅听征总兵官兼佥后府事。严嵩任礼部尚书，他的儿子严世蕃任后府都事，很骄横。周尚文当面叱责他，准备上奏弹劾他，严嵩道歉，严世蕃才得幸免。严嵩调严世蕃为治中，以回避周尚文，而对周尚文恨之入骨。这年秋天周尚文以总兵官的身份镇守大同，请求朝廷增加粮饷和马匹。兵部说周尚文的陈请超过限度，正被诏书切责，而周尚文与巡抚赵锦不和洽，周尚文乞求退休，没有得到许可，他们天天相互构陷。御史王三聘请求调移周尚文镇守其他地方。朝廷讨论说：大同地处敌人要冲，周尚文借此逃避，不应当堕入他的计谋。于是让赵锦任甘肃巡抚。吉囊数万骑兵侵犯前卫。周尚文在黑山与他交战，杀掉他的儿子满罕歹，追到凉城。斩俘敌人甚多，周尚文晋升为右都督。不久，敌寇由宣府直逼畿甸，出大同关塞而向北去。周尚文半路拦击他们，稍有俘获。后敌寇又大举侵犯鹁鸽谷，准备南下。周尚文在阳和防备，派遣骑兵四出攻击敌寇。敌寇逃遁，朝廷赐敕奖赏慰劳他们。
总督翁万达建议修筑边墙，从宣府西的阳和到大同的开山口，延袤二百多里，由周尚文负责。于是加筑阳和以西到山西丫角山，共四百多里，敌台一千多个。开拓屯田四万多顷，增加军士一万三千多人。皇帝为嘉奖他的功劳，晋升他为左都督，加封太子太保，永免边屯之税。叛人充灼召小王子侵犯边关，周尚文侦察获得他的间谍，被加封太保，荫子锦衣卫世职千户。一直到明朝结束，总兵官加封三公的人，只有周尚文一人而已。
起初，俺答和吉囊诸子强盛，诸边关年年受到他们的祸患，大同尤为突出。自从周尚文到大同镇守，和总督翁万达、巡抚詹荣规划边防战守，百姓有数年没有受到敌寇的侵扰。周尚文以好处招来叛人，孤立敌势，归者不断。二十七年(1548)八月，俺答在五堡旁埋伏军队，引诱指挥顾相等人出关，将他们围在弥陀山。周尚文急督副总兵林椿、参将吕勇、游击李梅和自己的两个儿子周君佐、周君仁出塞援助，才得解围。顾相与指挥周奉，千户吕恺、郝经等人已经阵亡。周尚文转战，到达野口，敌伏兵突起。周尚文殊死作战，斩敌人的长官一人。相持一个多月敌人才退去。周尚文设立埋伏，杀敌人的殿后士卒而归。周尚文三子都因罪戍边，到这时因父功而获得释放。俺答数万骑兵侵犯宣府，翁万达檄令周尚文在曹家庄大破敌军，录功，周尚文兼为太子太傅，赐赏有加。这一年周尚文死去，享年七十五岁。
周尚文清廉俭约爱护士卒，得战士死力。善于用间，知道敌人内部详情，所以作战总是有功。自从嘉靖二十年(1541)后，俺答频频侵扰边关。宿将王效、马永、梁震都已先死，只有周尚文还活着，他的威名最盛。严嵩父子图谋倾轧陷害周尚文。但周尚文功高，皇帝正凭借他来抗御强敌，谗言才不得起作用。等到周尚文死后，不按礼给予他抚恤，给事中沈束言说这件事。严嵩激怒皇帝，将沈束禁锢在诏狱。穆宗即位，才赠周尚文为太傅，谥号武襄。
马芳，字德馨，蔚州人。十岁时被北方少数民族掳掠去，让他放牧。马芳暗中用曲木做箭弓，削箭矢习射。俺答打猎，猛虎在他前面怒吼，马芳一箭将老虎射死。于是俺答授予马芳上等弓矢和好马，让他在左右侍候。马芳明里为他所用，而暗地从小路逃回。周尚文镇守大同，对马芳从敌方逃回感到惊奇，安排他任队长。马芳多次防御敌寇有功，应该被封官，因他的父亲贫穷，都改为受赏来供养他父亲。
嘉靖二十九年(1550)秋天，敌寇侵犯怀柔、顺义。马芳驰马斩敌将，授职为阳和卫总旗官。敌寇曾经进入威远，在盐场埋伏骁勇骑兵，而用二十骑兵挑战。马芳知敌人有诈，用百骑迫近埋伏的地方，将作战部队分成三部分，依次轮番攻击敌人。马芳军奋勇跳跃，敌人骑兵惊退十里，马芳军共斩敌人首级九十多。其后，又在新平抵御敌人。敌寇扎营在野马川，约定作战日期。马芳估计敌寇要逃遁，紧急追逐他们，斩敌更多。部队正在庆贺，马芳急忙策马说：“贼寇来了。”命人赶快守住险要，而自己断后。过了不一会儿，敌寇果然成群到达。马芳战斗得更加尽力，敌寇才退去。不久，在泥河进行战斗，又大破敌寇。马芳逐渐升迁为指挥佥事。因功，马芳晋为都指挥佥事，充任宣府游击将军。又因功，破格升迁为都督佥事，隶属总督为参将。在镇山墩作战失利，马芳被夺去俸禄。之后，袭击敌寇有功，他又被加俸二级，任右都督。不久因功晋为左都督，赐给蟒袍。偏将被加封左都督，是从马芳开始的。
三十六年(1557)马芳迁为蓟镇副总兵，分守建昌。土蛮十万骑兵逼近界岭口，马芳和总兵官欧阳安歼敌数十人，俘获骁骑猛克兔等六人。敌寇不知道马芳在，马芳去掉头盔给敌寇知道，敌寇大惊说“：是马太师！”于是敌寇退去。捷报传到朝廷，朝廷赐荫庇马芳后代为总旗官。不久，辛爱把都儿大举侵入，蹂躏遵化、玉田。马芳追到金山寺作战有功，但州县破残得不少，总督王忄予以下都获罪，马芳也被贬为都督佥事。
不久移调马芳镇守宣府。敌寇大举入侵山西，马芳一昼夜急驰五百里追上敌人，七次战斗都取得了胜利。稍后，他又迁为左都督，就地被提升为总兵官，因功进二级俸禄。敌寇迫近通州、马芳入卫，下令专护京师。敌寇退去，马芳再晋俸一级。不久马芳与故总兵刘汉出北沙滩，捣毁敌巢。不久，坐寇入侵之罪，令马芳戴罪立功。
四十五年(1566)七月，辛爱以十万骑兵入侵西路，马芳在马莲堡迎击他们。堡坍塌，军众人请求将这个地方堵塞起来，马芳不同意。众人又请求登台，马芳也不同意。马芳下令开堡四门，偃旗息鼓，寂静得就像没有人一样。等到日暮，野烧烛天，嚣呼达旦。马芳卧睡，太阳当中还不起来，敌人骑兵窥探者不断，不知马芳要干什么。第二天，马芳一跳而起，登城，指示军众说：“敌军多回头看，将要离去。”他勒兵追击，大破敌人。隆庆初年，有人为辛爱出谋，用五万骑兵侵犯蔚州，引诱马芳出来，再用五万骑兵袭击宣府城，可以获得成功。马芳预先伐木护城，敌寇到达后不能登上城，于是解散退去。不大一会儿，马芳率参将刘潭等人出独石塞外二百里，袭击敌人军帐于长水海。马芳回到塞，敌人追赶的人到达鞍子山。马芳迎战，又大败敌军。马芳又被荫子千户。
马芳有胆有智，了解敌情，所到的地方都是身先士卒。一年之中多次出师捣毁敌巢。或者亲自督战，或者派遣裨将督战。马芳得家蓄健儿的死力。他曾经命令三十人出塞四百里，歼俘敌人甚多，敌寇大震。马芳于是率师到大松林，驻扎在兴和卫，登高四望，耀兵而还。
当时大同遭敌寇侵略，较宣府更加厉害。总督陈其学恐敌寇侵扰畿辅，下令总兵官赵岢扼守紫荆关。敌寇于是纵掠怀仁、山阴等地，赵岢坐罪被贬俸三级，于是调马芳与赵岢易换镇守。俺答，转而侵犯威远，几乎攻破，正巧陈其学率领胡镇等来救援，而马芳军也到达了，相拒十多日，敌寇才退走。马芳对诸将说：“大同不比宣府，大同敌我之间只有一墙之隔。敌寇不时到来，非大受创伤不可。”于是将兵出右卫，战威宁海子，并攻破他们。这一年，明朝招抚了俺答，塞上于是相安无事。
万历元年(1573)，阅视侍郎吴百朋揭发马芳行贿之事，马芳被勒令闲住。之后，马芳被起用为佥书前军都督府。顺义王要赏，声言要背弃盟约，又用马芳镇守宣府。七年马芳因病请求回到家乡。又过了两年马芳死去。
马芳出身行伍，十多年后成为大帅。在膳房堡、朔州、登鹰巢、鸽子堂、龙门、万金右卫、东岭、孤山、土木、乾庄、岔道、张家堡、得胜堡、大沙滩等地作战，身经大小战斗百十次，受伤数十次，他以少击多，未尝不获大胜。他擒获敌人部长数十人，斩敌首级无数，威名震边陲，是一时将帅之冠。石州城被敌寇攻陷，副将田世威、参将刘宣被判论死罪，马芳乞求放弃自己的荫子之赏赐，来赎二将之罪，被御史所参劾，皇帝下敕诫谕他。后来田世威又作将，对待马芳很刻薄，马芳不与他计较，有识之士以此赞赏马芳。
马芳有两个儿子，马栋、马林。马栋官到都督，没有什么突出事迹。马林，由父荫累官大同参将。万历二十年(1592)，顺义王扌奢力克絷拘献史、车二部长，马林因制敌有功，晋为副总兵。二十七年马林升为署都督佥事，任辽东总兵官。马林素来好文学，能诗，工书，交游的人多是名士，当时名声很大，他自视也很高。他曾经上陈边关事务十策，语词之中对文官多有抵触，被搁置而不能实行。税使高淮骄横恣肆，马林极力与他抗争。高淮参劾上奏马林，马林被夺职。给事中侯先春上书论救马林，改判马林守戍烟瘴，侯先春也被降官二级。过了很久，马林遇赦免。
辽东用兵，诏令马林以原官的身份从征。杨镐兵分四路而出，令马林带领一军从开原出三岔口，而以游击窦水澄监北关军与马林并进。马林军到尚间崖结营疏通沟壕，严防哨所敌台自卫。等到听说杜松军被打败，才移换军营，但是大清的兵已经逼近。马林于是还兵，别立营，挖战壕三周，在战壕外面布列火器，再在火器外面布置骑兵，其他的士卒都下马，在战壕内结成方阵。另有一军在飞芬山扎营。杜松军覆没之后，大清兵乘其锐气逼近马林军。见马林的军队在壕内和壕外已经结合成方阵，于是大清军纵精锐骑兵直往前冲击它。马林军不能支持，于是大败。副将麻岩战死，马林只带数骑逃脱。死的人遍满山谷，血流到尚间崖下，水被血染红了。大清于是调兵攻击飞芬山。佥事潘宗颜等一军也全军覆没。北关的兵听说后，于是不敢前进。马林丧失军队后，被谪贬充任军官，让他镇守开原。当时蒙古宰赛、暖兔许诺援助马林兵，马林和他结成盟约，依靠这而没有设立防备。这一年六月，大清兵突然来到城下。马林列众在城外，分出少部分兵登城上的矮墙。大清兵设。。梯进攻，而另用精锐骑兵击破马林军营的东门外设防。马林军的兵士争门入城，大清兵于是乘势夺门，攻城的大清兵也越墙入城。马林军城外的兵士望见后全都逃奔。大清兵据城拦截攻击，马林军的这部分兵士被战壕阻隔不能渡过，全部被歼灭。马林和副将于化龙、参将高贞、游击于守志、守备何懋官等人，都战死了。不久赠给马林都督同知，进世荫二级。马林虽然更历边镇，但是没有经遇强敌，无大将才。当事以虚名用之，所以失败。
马林有五个儿子：马燃、马熠、马炯、马火广、马飚。马燃、马熠战死在尚间崖。马炯在天启年代中任湖广总兵官。马炯协助讨伐贵州叛贼，跟从王三善到大方，几次战斗都取得了胜利。之后，大败，王三善自杀，马炯军溃败而归。马炯患病而死。
马火广幼习兵略，天启年间任辽东游击。督师阁部大臣孙承宗因他的父亲死于王事，奖励性地任用他，让马火广代替王木盈镇守中右所。等到巡抚袁崇焕更改营制后，马火广以原官的身份掌管前锋右营。他多次有功，以致迁升为副总兵，镇守徐州。崇祯八年(1635)正月，敌贼攻陷凤阳，大肆抢掠而去。马火广和守备骆举率兵入城，以恢复报告，于是马火广留守这个地方。八月，敌贼侵扰河南。总督朱大典命令他移驻颍、亳。事情定下来之后，马火广返回徐州。十年，敌贼侵犯桐城，马火广奔赴救援，在罗唱河攻破敌人。不久马火广因护陵有功，增俸一级。归德、徐州之间有个地方叫朱家厂，土寇占据这个地方，不时出来抢掠。马火广剿灭他们。敌贼侵犯固始，朱大典檄令马火广和游击张士仪等人分别戍守霍丘西南，扼住贼寇东下之路，敌寇于是逃到六安。朱大典又调马火广等人驻扎寿州东，兼护二陵。就在这个时候，长江淮河南北，专以陵寝为重。马火广驰驱数年，幸而没有失事。
十二年(1639)六月，马火广被提升为总兵官，镇守天津。过了很久，被调到甘肃镇守。十五年他督三协副将王世宠、王加春、鲁胤昌等人讨伐攻破叛番，斩敌人七百多首级，抚慰安定三十八族才回来。这一年冬天，督师孙传庭檄召他不去，遭弹劾。皇帝诏令因为马火广能够剿贼，允许戴罪立功，否则即以军法从事。等到马火广到达军中，孙传庭宽恕他的罪过。不久，马火广又因逗留淫掠而被弹劾，皇帝仍让他戴罪效命。第二年秋天，孙传庭准备出关。有传闻说敌贼从内乡窥探商、洛的，孙传庭檄令马火广到商州扼住敌人的北犯。这以后孙传庭的军队覆没，马火广于是回到原地镇守。不久，敌贼攻陷延绥、宁夏，终于攻陷兰州，渡过黄河抵达甘州进行围攻。马火广和巡抚林日瑞竭尽全力进行固守。敌贼乘雪夜因坎登城。马、林军士卒十分寒冷，不能作战，城池终于被攻陷。马火广、林日瑞和中军哈维新、姚世儒都战死疆场。马火广的弟弟马飚任沔阳州同知，沔阳城陷落，也死去。马火广父子兄弟一并死于国难。
何卿，成都卫人。有志操，习武事。正德年间，承袭世职任指挥佥事。因他的能力，被提升为筠连守备。随从巡抚盛应期攻击歼斩叛贼谢文礼、谢文义。世宗即位，论功晋升为署都指挥佥事，充任左参将，协助镇守松潘。
嘉靖年代初期，芒部土舍陇政、土妇支禄等人反叛。何卿征讨他们，斩敌人二百多首级，降俘叛众有好几百人。陇政逃奔到乌撒，何卿檄令土官安宁将陇政擒获献来。安宁假装承诺，而实际上将陇政藏匿起来不交出来。巡抚汤沐说明了这种情况，皇帝剥夺了何卿的官职。川、贵之兵联合征讨，叛贼才被消灭，何卿恢复到原有官职。五年(1526)春天提升何卿为副总兵，仍然镇守松潘。陇氏已经灭绝，改芒部为镇雄府，设流官。不久，陇政的遗党沙保又进行叛乱。何卿和参将魏武、姚汝皋等人并进，斩除沙保等叛贼首领七人，余党也全部被歼。记录功劳，魏武最大，何卿第二，赐赏各有不同。黑虎五砦番谋反，围住长安诸堡，乌都、鹁鸽诸番也相继反叛。何卿都攻破平定了他们，升为都督佥事。威茂番十多砦连兵劫抢军饷，而且攻打茂州和长宁诸堡，索要抚恤赏赐。何卿和副使朱纨筑茂州外城来围困他们。不久又用计残害他们的部众，屡战屡胜，于是攻打深沟，焚烧他们的碉砦。诸番处境困迫，请求让他们赎罪。何卿责令他们献出首恶，番人不答应。何卿又分别剿攻浅沟、浑水二砦，并歼灭他们。诸番于是争献首恶，歃血断指耳，誓不再反叛。何卿于是与他们刻木为约，分处其部众，划疆为守，松潘的道路又畅通起来。巡抚潘鉴等人奏上他们两人的功劳，皇帝下诏赏赐何卿、朱纨银币，晋升何卿为署都督同知，镇守如故。过了很久，何卿因疾病辞官。
二十三年(1544)，塞上战事频起。朝廷召何卿，何卿以疾病相辞。皇帝发怒，夺去何卿的都督官职，命他以都指挥使的官职到兵部听候调遣。不久，敌寇逼近畿辅，命扎营在卢沟桥。松潘的副总兵李爵被巡抚丘养浩弹劾而罢去官职，皇帝下诏用何卿代替他。给事中许天伦说何卿贿赂丘养浩弹劾李爵，自为后路。皇帝发怒，革除何卿和丘养浩的官职，令巡按冉崇礼调查核实。当时兵事棘手，翁万达又推荐何卿，恢复他的都督佥事官职，督东官厅军马。之后冉崇礼具言说李爵贪污“，何卿镇守松潘有十七年，为蜀保障，军民颂德，但他还贫穷，哪有所得的钱财进行贿赂呢？”皇帝怒意才消解。四川白草番叛乱，副总兵高冈凤被弹劾。兵部尚书路迎上奏让何卿代替他。何卿再次莅临松潘，将士都很喜欢。何卿于是会聚巡抚张时彻征讨擒获首恶数人，俘斩九百七十多人，攻克四十七营砦，摧毁四千八百碉房，缴获马牛器械储积各以万计。何卿进署都督同知。何卿素有威望，为番人所忌惮。自从威茂到松潘、龙安夹道筑墙数百里，行旅往来，没有剽夺的祸患。他先后在镇二十四年，军民像爱戴慈母一样爱戴他。他再次因病回到家乡。
三十三年(1554)，倭寇侵略海上。皇帝诏令何卿和沈希仪各率家众奔赴苏、松军门。第二年何卿充任副总兵，总理浙江和苏、松海防。何卿是蜀中名将，不熟悉海道，年纪已老，兵与将不熟悉，竟不能有所作为。他被巡按御史周如斗弹劾而罢除官职，死去。
沈希仪，字唐佐，贵县人。承袭世职任奉议卫指挥使。他机警有胆有勇，并且智计过人。
正德十二年(1517)他被调出征永安。沈希仪用数百人攻打陈村寨，马陷在泥沼中，腾跃而上，连杀三个敌人头领，破除其余敌众。沈希仪升为署都督佥事。义宁的敌贼侵犯监桂，又回到巢穴，沈希仪追击他们。敌贼的巢穴有两处险隘，敌贼在其中一处埋有伏兵，让熟瑶欺骗官兵从这里攻入。沈希仪估计到敌贼有诈，急从另一险隘直抵贼寇的巢穴。敌贼仓促回救，于是被沈希仪大举攻破。荔浦敌贼八千人渡江到东方抢掠，沈希仪率领五百人驻扎在北面寨，等待敌贼归来。北面寨距蛟龙、滑石两滩各有数里。沈希仪因滑石滩狭窄，即使部队众多仍可进击，蛟龙滩宽广，渡过去也难于歼敌，想将敌贼引诱到滑石滩。于是在蛟龙滩树起百旗，用弱兵守住，燃烧柴禾来惑乱敌人。敌贼果然趋向滑石滩。沈希仪预先用小舰载劲卒埋伏在葭苇之中。敌贼渡过一半，乘急流冲之，两岸军兵鼓噪上前，敌贼众多人坠入水中淹死，沈希仪收获他们所掠抢的东西回来。沈希仪随从副总兵张。。连破临桂、灌阳、古田的敌贼。他被晋升为署都督指挥同知，掌管都司事。
嘉靖五年(1526)，总督姚镆准备征讨田州岑猛。他用沈希仪的计谋，离间岑猛的岳丈归顺和土酋岑璋的关系，而分兵五哨进击。沈希仪带领中哨。挡住工尧。工尧是敌贼的要地，他们聚众守卫这个地方。沈希仪夜间派遣军兵三百人，缘山而上，绕出其背。等到第二天会战，所派遣的士兵已在山巅树立旗帜，敌贼被打得大败。岑猛逃跑到归顺那里，被岑璋捉住，田州于是平定。沈希仪的功最大，姚镆压抑他的功劳，只是受到赏赐。姚镆建议设立流官，沈希仪说：“思恩因流官的缘故，祸乱到现在还没有停止。田州又设立流官，两处之敌贼将会合起来作乱。”姚镆不听从他的话。以沈希仪任右参将，分守思恩和田州。沈希仪请求回乡整束行装，用参将张经代守。刚刚一个月，田州又发生叛乱，姚镆被罢去官职而回到家乡。王守仁代替姚镆的官位，王守仁多用沈希仪的计策，思恩和田州又被平定。
沈希仪改任右江柳庆参将，驻扎在柳州。象州、武宣、融县瑶民造反，沈希仪出兵征讨攻破。他因病回到家乡，不久又回到原任。柳州在万山之中，城外五里之处就是敌贼的巢穴，军民已到无地可耕的地步，而官军向来不能胜任战斗。又加上敌贼耳目遍官府，对官府里的事情动静无所不知。沈希仪说要想大破敌贼，非用狼兵不可，向制府请求这件事。调那地的狼兵二千人来，守戍之兵才稍有振作。又寻找到与瑶通贸易商贩的有几十人，抓住他们犯罪根据而厚抚他们，让他们刺探敌贼。这样敌贼的动向，沈希仪也无所不知。沈希仪每次出兵，虽然是肘腋亲近的人，也不告诉他们去向。到期鸣号，则诸军都集合起来。令一人挟旗带领诸军行军，不让他们测知到哪里去。等到驻军设立埋伏，敌贼必定到达，敌贼遇到埋伏总是逃奔。官军攻击他们，总是能取得预期的胜利。之后，敌贼侵犯其他地方，官军又比他们先到达。远村僻地，敌贼估计是官军不能到达的地方，前往侵犯，官军又未尝不在，敌贼惊服他是神人。沈希仪获得的贼巢妇女牲畜财产，果真是邻巢的都归还他们，只取暗中帮助敌贼之人的东西。诸瑶全部恐惧降伏，不敢响应敌贼。
沈希仪初到，令熟瑶能够出入城中，无所禁忌。厚赏瑶人中的智黠之人，让他们做间谍。后来逐渐让瑶妇进入到官府和她们的丈夫见面，并赐给她们酒食布帛。这些瑶妇的丈夫经常告诉他敌情，则暗中厚赏。诸瑶妇贪爱赏赐，争相劝说自己的丈夫偷告敌情，或者亲自入沈希仪府中说明敌贼情况。正因为这个原因，敌贼更加没有地方隐藏匿形。沈希仪每于风雨晦黑的夜晚，侦察敌贼住宿停顿的地方，分别派遣人携带火铳潜伏在舍旁。半夜发铳，敌贼大骇说：“老沈来了！”都携带妻氏儿女匍匐上山。儿啼女号，有的因寒冻触岩石而死，有的后悔当贼寇不是好办法。到天明后下山，又寂静而没有人声。其他巢穴也遇到同样的情况，贼众更加惊恐。暗中派遣人进城侦察，发现沈希仪像原来一样居住在城中没有外出。敌贼丧魂落魄，他们大多易容为熟瑶。
韦扶谏是马平瑶的敌贼魁首，多次捕捉他而没有成功。有人报告说韦扶谏逃到邻贼三层巢去，沈希仪暗中率领兵马剿他，他又与三层巢的敌贼到其他戍所去抢劫。沈希仪尽俘三层巢敌贼的妻子儿女，一并带回来，过去沈希仪俘获的敌贼妻子儿女全部用来给与予狼兵，到这时却将他们独闭在空舍中，给他们饮食。让熟瑶去对他们的丈夫说“：你们捉到韦扶谏，就让你们的妻子儿女回来。”诸瑶听说后，都来谒见沈希仪。沈希仪让他们到房室中去看，见他们的妻子儿女都安然无恙。于是他们共同引诱韦扶谏出巢，将他捆缚着献给沈希仪，来换他们的妻子儿女回去。沈希仪剜去韦扶谏的眼睛，将他肢解后，悬挂在诸城门。诸瑶服沈希仪威信，更加不敢做强盗。从此，柳城四旁的数百里，没有敢抢夺的人。
沈希仪曾经向朝廷上书，说狼兵也是瑶、僮人。瑶、僮所在为贼，但狼兵至死不敢为非作歹，并不是狼兵顺服，而瑶、僮叛逆。狼兵隶属土官，而瑶、僮隶属流官。土官令严足以控制狼兵，流官势轻则不能控制瑶僮。如果将瑶、僮分割开来分别隶属旁近的土官，土官世世代代富贵，不敢有他望。这样以国家的力量控制土官，以土官之力来控制瑶、僮，将他们都变成狼兵，两广就世世代代没有祸患了。当时没有采用他的建议。到十六年(1537)就发生了思恩岑金的叛乱。
起初，思恩土官岑氵睿被诛后，改设流官，以其酋二人韦贵、徐五任土巡检，分别掌管兵马各有一万多人。夷民不喜欢汉法，共有多次叛乱。镇安有个男人名叫岑金，他自称是岑氵睿的儿子。镇安土官于是暗中召集旧部酋长，叫出岑金而与旧部酋长结盟说：“这是你们的小主人。”诸酋罗拜，拥岑金而归，聚兵五千人，准备攻城，恢复旧地，远近汹汹。岑氵睿被诛时，他的酋长杨留没有地方去，率同党一千多人到宾州去，应募为打手。沈希仪在宾州，杨留到沈希仪府中说，他想去见他的小主人。沈希仪向来担忧岑金，等听到杨留的话后，更加大骇。因而问杨留说“：是岑氵睿的第九个儿子吗？我从前征讨田州所以听说过这件事。”因而自语说“：岑氏又恢复了吗？”想以此打动杨留，杨留果然大喜。之后，沈希仪召杨留到密室中说：“给我重贿，就为岑金复官。”出去后又呼他回来说：“韦贵、徐五现今分别管掌思恩兵马，必定仇恨岑金，必须妥善防备他们。”杨留更加大信。岑金于是跟从五千人依靠杨留来见沈希仪。门人奔告，请求沈希仪不要收纳岑金的贿赂。沈希仪骂着说“：岑金是土官的儿子，不是贼寇，为什么不收纳？”将岑金引入，与他厚结，又引他诣见兵备副使，随后用计逐渐解散岑金的五千人。兵卒捆缚岑金，杨留也惭愧而死，思恩又恢复安宁。之后，随从总督张经大破断藤峡、弩滩的敌贼，受到赏赐而归。
沈希仪镇守柳州、庆州很久，大盗宿猾被捕诛殆尽。先后捣毁敌巢，斩敌人积有五千多个，未尝全部上奏报功，所以多不叙功。十九年(1540)又谢病，柳人在山云洞为他祭祀。不久被起用为四川左参将，分守叙州、泸州和贵州迤西等处。这一年冬天，被提升为署都督佥事，充任总兵官，镇守贵州。又谢病回到家乡。塞上多警，朝廷召令天下名将到京师，沈希仪在召之中。沈希仪镇守柳、庆时，每战必身先士卒，身体多次受伤，遇阴雨天气总是剧痛，所以多次谢病。到京后，也因病辞谢。皇帝怀疑他是回避，夺去他的都督官职，命令他赴兵部听候调用。翁万达推荐他的才能。正遇上江、淮多盗，议设督捕总兵官，于是恢复沈希仪署都督佥事官职前往剿匪。
二十六年(1547)任沈希仪为广东副总兵。命自今将领至四川、广西、云南、贵州者，毋推京营及西北边，著为令。沈希仪随从总督张岳大破贺县的敌贼倪仲亮等人，予实际授官，仍然赏他银币。琼州五指山熟黎向来畏法，供徭赋，知州邵氵睿残虐榨取他们的血汗。黎酋那燕于是勾结崖州、感恩、昌化诸黎作乱。总督欧阳必进提议一并讨伐万州、陵水之黎，兵分五路。沈希仪正在患病，最后到来，他对欧阳必进说：“万州、陵水之黎人没有从恶的事实，如果一并诛讨，更加树敌。不如只分兵三道。”欧阳必进听从了他的话。沈希仪于是偕同参将武鸾、俞大猷等人直入五指山下，斩那燕及其党徒五千四百多人，俘获的有五分之一，招降三千七百人。捷报奏闻朝廷，沈希仪晋升为都督同知，改任贵州总兵官。又从张岳军定铜仁的叛苗龙许保、吴黑苗等人。又因病回到家乡。倭寇侵犯海上，命令沈希仪督川、广之兵赴剿。无功，沈希仪被周如斗弹劾罢去官职。
沈希仪为人坦率，常居喜欢说俏皮话，性格开朗，没有城府。等到面临敌人，则应变出奇，让人莫测。特别善于安抚士卒。沈希仪经常染病垂危，士卒多自残来向神祷告。甚至有一人，为沈希仪祈祷到达用箭穿自己咽喉的地步。沈希仪是如此深得士卒之心。
石邦宪，字希尹，贵州清平卫人。嘉靖七年(1528)承袭世职为指挥使。累功，晋官署都指挥佥事，充任铜仁参将。苗人龙许保、吴黑苗反叛，总督张岳提议征讨他们，而敌贼攻陷印江、石阡，石邦宪被坐罪逮问。张岳因为铜仁是敌贼的巢穴，而石邦宪有勇有谋，于是上奏留用石邦宪。石邦宪于是与川、湖之兵共进贵州，攻破苗砦十分之五。躲藏在山中竹林子里的人，被搜杀殆尽。上功，石邦宪居第一。未及叙功，而龙许保等人突入到思州，捉住知府李允简而去。石邦宪紧急半路拦击，将李允简夺回来了。石邦宪被停止俸禄，让他戴罪立功。敌贼攻破思州后，又纠集余党，与湖广蜡尔山苗人会合，想攻石阡。没有攻克，经过省溪而回去。千户安大朝等人半路拦击他们，俘歼敌人大半，夺下敌贼的全部辎重，敌人溃不成军。石邦宪于是让使者重金收买老。。、老亻革等人擒住龙许保送到军门，而黑苗如过去一样躲藏。又用计重金收买乌朗土官田兴邦等人斩黑苗，敌贼于是被平定。石邦宪于是晋为署都督佥事，充任总兵官，代沈希仪镇守贵州。
台黎砦苗人关保倡导作乱，四川容山、广西洪江诸苗响应。远近骚然，朝廷上是安抚还是剿歼不能定下来。石邦宪与湖广分兵讨破他们，传檄十八砦，许他们捉拿首恶赎罪。诸苗听从安抚，设盟受约而回去。
播州宣慰杨烈杀长官王黼，王黼的同党李保等人治兵相攻快有十年，总督冯岳与石邦宪讨平他们。真州苗人卢阿项作乱，石邦宪用兵七千人编筏渡江，直抵磨子崖。估计敌贼必定来进行夜袭，预先防备。敌贼到达后，被他们击败。敌贼向播州吴鲲求援。诸将感到恐惧，石邦宪说：“水西宣慰安万铨，是播州所畏怕的。我调水西之兵攻乌江，声讨杨烈纵吴鲲助叛逆之罪，杨烈哪有空暇救人呢？”之后，水西之兵到达。石邦宪进逼敌人的巢穴，乘风放火，斩关而登，敌贼大崩溃，擒住敌贼首领父子，歼俘四百七十多人。石邦宪晋署都督同知。
石邦宪攻破地隆阡叛苗四砦，又攻破答千诸砦，擒住他们的巨魁。地隆阡派遣敌贼龙老三、龙得奎勾结龙停苗人老夭、扳凳苗人石章保等人纵兵抢掠，捉拿石耶洞土官的妻子冉氏带回去，攻击梅平砦。官军要擒拿龙老三。龙得奎走脱幸免，又与老夭等人攻破平南营囤。石邦宪侦察得知冉氏在老夭那里，表面议说要赎她，而暗中击杀老夭。官军于是进入龙停砦，一并捉拿扳凳砦苗人龙老丙，命令他献出石章保。由此诸苗全部被降服。白洗、养鹅的诸苗反叛，石邦宪征讨并擒住敌魁，降服一百多砦。
湖广溆浦瑶人沈亚当等作乱，总督石勇檄令石邦宪讨伐他们，石邦宪生擒沈亚当，俘歼二百多人。甫溆浦平，铜仁、都匀的苗人互相煽动进行反叛。石邦宪亟驰回来，率领守备安大朝进剿。先攻破彪山砦的敌贼，乘胜以谋略平定诸砦。俘虏敌贼的头子龙老罗、王三等人，余党全部平定。石邦宪又与总督黄光升，修筑湖北的墩台、烽土侯一百多所，招降冷水溪诸洞苗二十八砦。
播州容山的副长官土舍韩甸与正长宫土舍张问相互攻击，韩甸多次取得胜利，于是他纠集生苗在湖、贵境内抢劫，将近二十年。张问也纠集党徒自助。石邦宪讨伐张问，斩敌一百多人，张问潜逃，被擒获。官军乘胜攻入韩甸的巢穴。遇上天黑，下大雨，官军迷失路径。守备叶勋、百户魏国相等人陷入埋伏之中，战死。石邦宪突围而出，带军回到镇远。再次征讨韩甸，敌贼沿江防守。石邦宪佯装与他抗争，而另外从上游三十里处缚竹渡江。水陆并进，大破敌贼。斩杀韩甸，容山被平定。石邦宪晋右都督。
不久石邦宪与巡抚吴维岳招降平州叛酋杨珂，剿平龙里卫敌贼阿利等人。在这个时候，水西宣慰安国亨恃众跋扈，谒见上官时，辞色不善，往往煽动兵众喧哗鼓噪而出。石邦宪召见他谴责说“：你想造反吗？我看见你如釜中的游鱼。你的兵与云、贵、川、湖的兵相比谁的多？你有四十八个酋长，我铸四十八个印给与他们。早上下令，傍晚就把你给灭了。”安国亨叩头谢罪，颇为收敛。隆庆元年(1567)石邦宪剿平镇远的苗人。之后，他又攻破诛灭白泥土官杨斌贝和苗人酋长龙力水等人。部内之人对他服服帖帖。
石邦宪生长在黔土，熟悉苗人风土人情。他善于用兵，经过的战斗大小有数十近百次，无不被他摧毁攻破。先后晋俸禄有四次，赏赐银币十三次。他所得的俸赐，全部用来招待士兵，家中没有多余的资财。做总兵官十七年，威镇蛮中。他和四川的何卿、广西的沈希仪并称一时的名将。第二年(1568)死在官任上。赠官左都督。